U okviru realizacije projekta su formirane 3 projektne radne grupe (RG) kako bi se osigurala puna uključenost odgovornih institucija, u skladu s transparentnom i dogovorenom procedurom za pripremu dokumentacije koja se odnosi na zahtjeve EU UWWTD. Predstavnici direktnih i indirektnih korisnika projekta nominirani su od strane Upravnog odbora projekta za članstvo u radnim grupama, a rad u radnim grupama doprinosi jačanju njihovih kapaciteta za buduću primjenu zahtjeva UWWTD Direktiveu BiH.
Formirane su sljedeće tri projektne radne grupe:
Članovi radnih grupa pružaju podršku projektnom timu na operativnom nivou, u osiguranju brže komunikacije, davanju komentara i prijedloga u svrhu unaprijeđenija kvaliteta projektnih rezultata.